8月1日，全省重大动物疫病防控工作会议后，南通市各级党委、政府高度重视。8月3日市委书记罗一民亲自召集市委、市政府分管领导和有关部门负责同志部署防控工作，并成立由市委副书记黄利金任组长的防控生猪“高热病”领导小组。

    南通市政府明确由市经贸部门负责加强生猪流通环节的管理，工商局负责各类冷库的监督检查。成立五个督查组，由农业局、卫生局、市委农办、工商局、监察局的分管领导带队到各县（市、区）督查防控措施的落实情况。南通市防指还公布了各县（市、区）防指的举报电话，对违法处理病、死猪的各种行为实行有奖举报。市农业局加强了对检疫员、防疫员的管理，市工商局加大了对市场的监督检查力度，市经贸委进一步规范定点屠宰场的管理。各县（市）防指实行24小时值班，接到举报立即通知相关部门进行处置，重大问题由农林、公安、工商、卫生等部门整体联动，联合执法。

    如皋市7月27日起关闭全市境内苗猪交易市场，控制生猪流通；对未开展定点生猪屠宰的九华、长江、石庄三镇收回检疫印章；调出境外的检疫证明统一由各镇兽医站业务站长负责保管出具。7月30日如皋市下发了《市政府办公室关于严禁将病死猪乱抛乱扔防止水源污染的紧急通知》，明确了各镇村主要负责人为第一责任人，负责病死猪无害化处理，产生不良后果将追究责任。如皋市各镇、村建立了专业队，对辖区内所有河道、路边进行巡查。公安局交巡警和水警对市内主干道和骨干河道进行巡查，对乱丢的病死猪进行无害化处理。

    如东县要求各镇按属地管理的原则，层层落实责任制，实行镇干部包村、村干部包组、组包户的责任制，一旦发现辖区内有丢弃病死猪的，村干部负责打捞、深埋。如东县同时强化对苗猪市场、淘汰母猪收购场所及冷库库存肉品的检验监督。如东县组织农林、公安、经贸和卫生对淘汰猪收购场所及冷库库存肉品进行了多次突击检查。在丰利、洋口、河口等地查到死因不明的生猪、未经检疫的猪肉和400斤库存病害肉，均做了深埋处理。