一是秸杆综合利用水平不高。秸秆的生产和搜集有明显的地域性和时段性，收割存储需要大量的资金和人力、土地，加上秸秆综合利用项目少，产业化经营未达到一定规模，存在秸秆露天焚烧和低端利用为主。二是秸秆综合利用的成本不断增加。首先是利用秸秆制作的产品，如快餐盒、饮水杯等，产品质量好，易降解安全环保，但因其制造成本高于塑料制品30%，在价格上丧失竞争优势；其次是秸秆发电，上网电价成本中生物质燃料成本高于燃煤成本80%。三是秸秆综合利用的扶持政策滞后。国家对生物质利用的税收政策调整滞后，增值税、所得税的优惠政策没有出台，秸秆综合利用企业无法享受税收优惠政策；对农村秸秆转化的资金投入支持也较弱，如果对秸秆利用机械、户用沼气的补贴达到总造价的50%以上，基层秸秆综合利用的积极性将会大大提高。