| 序号 | 单位名称 | 申报项目 | 受理时间 | 办理结果 | 许可证号 | 备注 |
| 1 | 扬州大学 | 转双反义SBE基因水稻安全评价 | 2006.3.7 | 3.14日报部审批 | | |
| 2 | 梅里亚动物保健有限公司 | 表达犬瘟热FHA基因弱毒疫苗在江苏试验 | 2006.3.10 | 3.13日报部审批 | | |
| 3 | 扬州大学 | 基因P215C3LYZ在江苏环境释放 | 2006.3.22 | 3.23报部审批 | | |
| 4 | 扬州大学 | 双表达H5亚型禽流感在江苏环境释放 | 2006.3.24 | 3.27报部审批 | | |
| 5 | 扬州大学 | 双表达H9亚型和H5亚型在江苏环境释放 | 2006.3.24 | 3.27报部审批 | | |
| 6 | 扬州大学 | 反向遗传H5禽流感弱毒株在江苏环境释放 | 2006.3.24 | 3.27报部审批 | | |
| 7 | 扬州大学 | 表达鸡IL-2基因重组病毒在江苏环境释放 | 2006.3.24 | 3.27报部审批 | | |
| 8 | 扬州大学 | 双表达新城疫病毒在江苏环境释放 | 2006.3.24 | 3.27报部审批 | | |
| 9 | 中国科学院植物研究所 | 转山菠菜BADH耐盐基因番茄在江苏生产性试验 | 2006.3.29 | 3.30报部审批 | | |
| 10 | 梅里亚动物保健有限公司 | 表达鸡法氏囊VP2病毒基因在江苏生产性试验 | 2006.4.6 | 4.13报部审批 | | |
| 11 | 益海(连云港)粮油工业公司 | 转基因加工生产许可证 | 2006.7.28 | 8.19日批并报部备案 | | |
| 12 | 张家港江海粮油工业公司 | 转基因加工生产许可证 | 2006.7.28 | 不予许可8.19日批 | | |
| 13 | 东海粮油(张家港)有限公司 | 转基因加工生产许可证 | 2006.7.28 | 8.19日批并报部备案 | | |
| 14 | 南京 农业大学 | 转BT/CpTI基因抗虫棉BCsm12在江苏生产试验、转BT/CpTI基因抗虫棉BGsm16在江苏生产试验、转兔KAP.1基因棉花NK-68在江苏中间试验 | 2006.9.14 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 15 | 浙江省慈溪市农科所 | 单价BTCry1A抗虫棉慈抗杂3号在江苏应用安全证书 | 2006.9.19 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 16 | 江苏泗阳棉花原种场 | 单价BTCry1A抗虫棉泗杂棉6号在江苏应用安全证书 | 2006.9.19 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 17 | 江苏徐淮地区徐州农科所 | 单价BTCry1A抗虫棉徐杂3号在江苏应用安全证书 | 2006.9.19 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 18 | 河北省邯郸市农科所 | 邯杂98-1、邯杂306、邯杂429、邯5158四个品种在江苏应用安全证书 | 2006.9.19 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 19 | 山东省棉花研究所 | 鲁棉研28号、鲁棉研17号、鲁棉研18号、鲁棉研20号、鲁棉研24号、鲁棉研25号、鲁H208等7个品种在江苏应用安全证书 | 2006.9.19 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 20 | 梅里亚动物保健有限公司 | 表达犬瘟热病毒HA-F基因VP2基因CP258疫苗株、表达鸡传染性法氏囊病毒VP2蛋白病毒HVT-013疫苗株生产应用安全证书 | 2006.9.20 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 21 | 江苏科腾棉业有限公司 | 科杂棉133号、科棉3号、MR3号、TK9988等抗虫棉生产应用安全证书 | 2006.9.26 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 22 | 河北省农林科学院棉花研究所 | 单价BTCry1A抗虫棉97H1、棉冀1286等2个品种在江苏生产应用安全证书 | 2006.9.27 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 23 | 南京农业大学 | 转Mpd水解酶基因降解菌m-cds-1在江苏环境释放 | 2006.9.28 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 24 | 南京农业大学动物医学院 | 重组病毒疫苗rAd-cap、rAd-cap-Gp5、Gp5蛋白环境释放、生产性试验 | 2006.9.28 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 25 | 南京农业大学动物医学院 | 重组病毒疫苗rAd-cap、rAd-cap-Gp5、Gp5蛋白环境释放、生产性试验 | 2006.9.28 | 2006.9.29报部审批 | | |
| 26 | 中国农科院生物技术研究所 | 双价BT Cry1ACpTI抗虫棉、单价BtCry1A抗虫棉在江苏生产应用安全证书(共15个) | 2006.10.17 | 2006.11.3报部审批 | | |